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Fils de bonne famille, il exerce de très hautes fonctions sous le règne d'[[Alexis Ier Comnène]] comme ''[[megas droungarios tes viglas]]'' (commandant d'un corps d’infanterie de 1000 à 3000 soldats) et ''[[protasekretis]]'' (chef de la chancellerie). Il devient même chef des gardes du corps d'Alexis Ier Comnène avant de se retirer, après 1118, probablement en disgrâce, au [[monastère]] de [[Sainte-Glykéria]], sur l'île du même nom. Il s'y consacre à l'écriture et rédige une [[chronique]] ''Chronique universelle'', depuis la création du monde jusqu'en 1118, l'''Epitomé historion'' (''{{grec ancien|gr. Ἐπιτομὴ ἱστοριῶν}}''), considérée comme une des meilleures du genre.

La plus grande partie de son travail repose sur des sources écrites dont certaines sont perdues (certains extraits de [[Dion Cassius]] par exemple), mais aussi sur [[Jean Skylitzès]] et [[Psellos]] pour la période postérieure à 811. Son récit du règne d'[[Alexis Ier Comnène|Alexis]] (1081-1118) est en revanche une œuvre personnelle, où pointe la [[polémique]] contre le récit en forme d'[[eulogie]] de l'[[empereur]] qu'est l'''Alexiade'' d'[[Anne Comnène]]. Zonaras critique en effet sévèrement le style de gouvernement d'Alexis Ier Comnène qu'il accuse de dilapider l'argent de l'État en dépenses inconsidérées ou en largesses excessives en faveur de son entourage.

Jean Zonaras est aussi un [[canoniste]] de renom, l'auteur de commentaires sur les constitutions Constitutions apostoliques et les [[apostoliquepères de l'Église]]s . Ses commentaires canoniques sont largement repris et les cités dans d'autres ouvrages de ce genre, notamment dans le [[pères Pédalion]]. Il a écrit aussi un commentaire aux Canons de la Ressurection de l'Église[[octoèque]] de saint [[Jean Damascène]].